Skamieniałościami są nie tylko szczątki organizmów, ale także wszelkie pozostawione przez nie ślady działalności życiowej: od śladów kroczenia i żerowania, poprzez jamki służące jako schronienie, aż po skamieniałe odchody, nazywane przez paleontologów koprolitami. Zachowane w skałach przejawy działania zwierząt, roślin, grzybów i bakterii określamy mianem skamieniałości śladowych. Takich skamielin jest dużo. Jeden organizm może bowiem zostawić ich bardzo wiele, co zwiększa prawdopodobieństwo zachowania się w zapisie kopalnym.
Ślady działalności życiowej – choć częste – można jednak łatwo przeoczyć, gdyż w odróżnieniu od szczątków muszli, pancerzy oraz liści nie kojarzą się one jednoznacznie ze zwierzętami i roślinami. Ich rozpoznanie wymaga więcej wiedzy i doświadczenia. Znając skały i miejsca występowania skamieniałości śladowych możemy mimo wszystko próbować je poprawnie oznaczyć, jeżeli natrafimy na nie podczas pracy w terenie.
Poszukiwania śladów działalności organizmów z dalekiej przeszłości najlepiej prowadzić w skałach takich jak piaskowce i łupki mułowcowe. W wapieniach są one trudniej dostrzegalne. Skamieniałości śladowe mają najczęściej postać prostych lub meandrujących kanałów wypełnionych osadem podobnym do otaczającej skały. Niekiedy na ich krawędziach można dostrzec delikatną ornamentację. Znajdowane są też bardziej skomplikowane struktury, przypominające na przykład ślady zamiatania; niekiedy skamieniałości śladowe mylone są zresztą ze znaleziskami archeologicznymi i niepoprawnie oznaczane jako wytwór ludzki.
Poniżej opisane zostały najbardziej charakterystyczne polskie skamieniałości śladowe oraz miejsca ich występowania.
1. Góry Świętokrzyskie – skamieniałości w skałach ery paleozoicznej
W piaskowcach i łupkach mułowcowych, zwłaszcza z okresu kambryjskiego, znajdowane są ślady spoczynku oraz żerowania trylobitów. Tropy tych zwierząt są stosunkowo łatwe do dostrzeżenia, gdyż tworzą one wypukłości na powierzchni skały ornamentowane charakterystyczną „jodełką” i ciągną się na długość kilku lub kilkunastu centymetrów. Mniej charakterystyczne, choć też łatwe do zauważenia są ślady spoczynku trylobitów, które również spotykane są w piaskowcach i łupkach paleozoicznych Gór Świętokrzyskich.
2. Góry Świętokrzyskie – skamieniałości w skałach ery mezozoicznej
Skamieniałości śladowe spotykane są niekiedy w wapieniach. Mają one postać śladów drążeń małży. Czasami są one wypełnione osadem, a w innych przypadkach puste. Z reguły są one pomijane przez poszukiwaczy, gdyż ich łezkowaty kształt nie kojarzy się z żadnymi śladami działalności organizmów. Ponadto w skałach okresów triasowego i jurajskiego częste są również meandrujące kanały wypełnione osadem, pozostawione przez różne grupy zwierząt, w tym prawdopodobnie wieloszczety.
O wiele rzadziej spotykane skamieniałości śladowe ze skał ery mezozoicznej okolic Gór Świętokrzyskich to tropy gadów, w tym dinozaurów. Można je oglądać między innymi na terenie rezerwatu Gagaty Sołtykowskie koło Sołtykowa, na zachód od Skarżyska-Kamiennej.
3. Góry Stołowe (Dolny Śląsk)
Skamieniałości śladowe licznie występują w piaskowcach z okresu kredowego. Są to przede wszystkim wypełnienia jamek drążonych w dnie przez skorupiaki oraz inne zwierzęta. Bywają przeoczane, ponieważ na pierwszy rzut oka nie kojarzą się one ze śladami dawnego życia.
Skamieniałości śladowe spotykane są na granicach ławic, czyli rozległych, płaskich powierzchniach rozdzielających kolejne warstwy piaskowców oraz łupków mułowcowych. Zazwyczaj są to odlewy śladów pełzania i żerowania. Początkowo były one zagłębieniami na dnie, a po ich przykryciu kolejną warstwą osadu zachowały się w postaci negatywowych, wypukłych odbić na powierzchni skały.
Oprócz skamieniałości śladowych w Karpatach fliszowych bardzo częste są też hieroglify, czyli struktury powstające w wyniku działalności prądów wodnych, falowania, a także pogrążania w osadzie. W wielu przypadkach nie mają one żadnego związku z działalnością organizmów, choć zachowywane są też na przykład ślady wleczenia po dnie fragmentów roślin lub kręgów ryb. Hieroglify można pomylić ze skamieniałościami śladowymi. By uniknąć błędu trzeba obejrzeć układ badanych struktur na powierzchni skały. Hieroglify zazwyczaj ułożone są równolegle i mają przebieg zbliżony do prostego (to skutek działalności prądu wodnego), podczas gdy skamieniałości śladowe często nie trzymają się tego schematu, a ślady żerowania mają tendencję do rozpraszania się w różnych kierunkach.
5. Północna i centralna Polska
W osadach przyniesionych ze Skandynawii przez plejstoceński lądolód znajdowane są czasami twarde, białe lub brązowe piaskowce z licznymi, ułożonymi równolegle rurkami, wypełnionymi takim samym osadem, jak budujący otaczającą skałę. Jeżeli rurki są bardzo liczne, to na podłużnym przekroju można je przeoczyć – sąsiadują one z sobą i stają się trudno dostrzegalne. W poprzecznym przekroju widoczne są natomiast okrągłe zarysy wypełnione osadem. W przypadku dużych okazów te wyloty kanalików dostrzegalne są na powierzchniach warstwowania piaskowca. Te skamieniałości śladowe to kanały wydrążone przez zwierzęta przypominające robaki, na dnie płytkiego morza, prawdopodobnie w strefie falowania. Znajdują się one w tak zwanych piaskowcach skolitusowych, które liczą ponad 500 milionów lat. Są to więc również jedne z najstarszych skamieniałości znajdowanych w Polsce. Równie stare znaleziska pochodzą tylko z centralnej części Gór Świętokrzyskich. Są to również skamieniałości śladowe, ale także szczątki trylobitów.
W północnej i centralnej Polsce, w strefie zasięgu lądolodu, można również znaleźć skamieniałości śladowe kryjące się w krzemieniach. Mają one postać kanałów przebijających niekiedy na wylot cały okaz. Ich powierzchnia jest biała i wyraźnie odcina się na tle czarnego lub czerwonego krzemienia. Te kanały to ślady drążeń, które zostały wtórnie wypreparowane poprzez usunięcie wypełniającego je białego wapienia: tak jak na początku swojej historii są one teraz pustkami w skale, w odróżnieniu od większości innych skamieniałości śladowych, wypełnionych obecnie osadem. Podobne ślady działalności organizmów zachowane w krzemieniach można znaleźć również na Lubelszczyźnie.